Жрицы Мотры, предсказавшие скорое возвращение «короля ужаса», оказываются правы - у берегов Японии вновь объявляется дракон Гидора, заклятый враг Мотры. Гидора силён как никогда прежде, поэтому чтобы одолеть его, приходится прибегнуть к хитрости. Решено транспортировать Мотру в прошлое, во времена

Жрицы Мотры в компании трёх ребят отправляются на поиски затерянного подводного города Нилвай Кинай. Там они планируют отыскать мифическое сокровище, которое даст шанс победить смертоносного морского монстра Дагару, появившегося благодаря плачевной экологической обстановке на планете.

Японские шахтёры случайно вызволяют из подземного плена огромного трёхголового монстра Десгидору, ранее уже успевшего уничтожить марсианскую цивилизацию. На битву с Десгидорой выдвигается извечная защитница Японии - гигантская бабочка Мотра.